Da Perchlorat-Rückstände nicht mit den zur Bestimmung der meisten Pflanzenschutzmittel-Wirkstoffe verwendeten Multimethoden (z. B. QuEChERS) erfasst werden, wurde hierzu eine vom EU-Referenzlabor für Einzelmethoden in der Rückstandsanalytik, CVUA Stuttgart, veröffentlichte spezielle Bestimmungsmethode etabliert. Perchlorat-Rückstände in Frischgemüse und Frischobst können mit dieser Methode sehr empfindlich quantifiziert werden. Die Quantifizierung erfolgt über einen isotopenmarkierten internen Standard.